Агенција води следеће регистре као јединствене, централизоване, јавне, електронске базе података:
- Регистар привредних субјеката, у складу са Законом о поступку регистрације у Агенцији за привредне регистре (почео је са радом 1.01.2005. године). У оквиру овог регистра воде се:
- Регистар привредних друштава (почео је са радом 1.01.2005. године)
- Регистар предузетника (води се од 1. 01.2006. године)
- Регистар страних представништава (води се од 1. 01.2006. године)
- Регистар финансијског лизинга, у складу са Законом о финансијском лизингу (почео је са радом 1.01.2005. године)
- Регистар заложног права на покретним стварима и правима, у складу са Законом о заложном праву на покретним стварима уписаним у регистар (почео је са радом 15.08.2005. године)
- Регистар медија, у складу са Законом о јавном информисању и медијима (почео је са радом 13. фебруара 2015. године),
- Регистар удружења, у складу са Законом о удружењима (почео је са радом 22.10.2009. године)
- Регистар страних удружења, у складу са Законом о удружењима (почео је са радом 22.10.2009. године)
- Регистар туризма, у складу са Законом о туризму (почео је са радом 1.01.2010. године)
- Регистар финансијских извештаја, у складу са Законом о изменама и допунама Закона о рачуноводству и ревизији (почео је са радом 1.01.2010. године)
- Регистар стечајних маса, у складу са Законом о стечају (почео је са радом 23.01.2010. године)
- Регистар мера и подстицаја регионалног развоја, у складу са Законом о регионалном развоју, Уредбом о садржини, начину и поступку вођења Регистра мера и подстицаја регионалног развоја и Упутством о ближим условима и начину уноса података о мерама и подстицајима регионалног развоја (почео са радом 1.02.2011. године)
- Регистар задужбина и фондација, представништава страних задужбина и фондација, у складу са Законом о задужбинама и фондацијама (почео са радом 01.03.2011. године)
- Регистар судских забрана, у складу са Законом о извршењу и oбезбеђењу (почео са радом 17.09.2011. године)
- Регистар удружења, друштава и савеза у области спорта, у складу са Законом о спорту (почео са радом 23.09.2011. године)
- Регистар комора, у складу са Закон о привредним коморама (почео са радом 1.01.2013. године)
- Регистар понуђача, у складу са Законом о јавним набавкама (почео са радом 1.09.2013.године)
- Регистар факторинга, у складу са Законом о факторингу (почео са радом 22.10.2013. године)
- Регистар уговора о финансирању пољопривредне производње, ускладу са Законом о финансирању и обезбеђењу финансирања пољопривредне производње (почео са радом 1.06.2015. године)
- Регистар грађевинских дозвола, у складу са Законом о изменама и допунама Закона о планирању и изградњи (почео са радом 1.01.2016. године)
- Регистар привремених ограничења права лица, у складу са Законом о Централној евиденцији привремених ограничења права лица регистрованих у Агенцији за привредне регистре (почео са радом 01.06.2016. године)
- Централну евиденцију стварних власника, у складу са Законом о централној евиденцији стварних власника (почела са радом 31.12.2018. године)
- Регистaр здравствених установа и Јединствену евиденцију субјеката у здравству, у складу са Законом о здравственој заштити (Регистар почео са радом 11.10.2020, а Евиденција 20.04.2021. године)
- Регистар пружалаца рачуноводствених услуга (почео са радом 1.01.2021. године)
- Регистар установа културе (почео са радом 18.11.2022. године).
Вођење централизованих регистара у јединственој институцији каква је Агенција за привредне регистре - чија се надлежност протеже на целој територији Републике Србије, обезбеђује уједначену праксу регистрације - усаглашену са директивама ЕУ - као и јединствене услове за започињање пословања за све учеснике у привредном животу Србије.
Јединствени централни регистри пружају могућност државним органима и институцијама да се на једном месту упознају са подацима о регистрованим привредним субјектима, њиховим бонитетом, задужењима физичких и правних лица која се односе на финансијски лизинг и залогу на покретним стварима и правима и др.