Законом су прописани разлози брисања задужбине односно фондације из Регистра. Уз регистрациону пријаву брисања из регистра, поред доказа о уплати накнаде за брисање (висина накнаде), доставља се документација на основу које регистратор врши брисање из Регистра. У случају окончања стечајног поступка то је правноснажно решење о закључењу стечајног поступка, у случају ликвидације то је извештај ликвидационог управника и одлука надлежног органа о томе коме ће бити достављена документација задужбине односно фондације на чување. Поред окончаног стечаја и ликвидације задужбина односно фондација се брише из регистра и услед спроведене статусне промене ако по том основу престаје да постоји.
Напомена:
Регистратор доноси одлуке на основу чињеница из пријаве, приложених докумената и регистрованих података, без испитивања тачности чињеница из пријаве, веродостојности приложених докумената и правилности и законитости поступака у коме су документи донети.
По пријему пријаве регистратор, у складу са одредбом члана 14. Закона о поступку регистрације у Агенцији за привредне регистре, проверава да ли су испуњени законски услови за упис у регистар. Ако утврди да су поднете уредне пријаве и документација, регистратор у року од 5 радних дана од дана пријема пријаве у АПР, доноси решење о упису промене података у регистар задужбина и фондација, и решење објављује на интернет страни Агенције.
Ако регистратор у року од пет радних дана од дана подношења регистрационе пријаве, утврди да нису испуњени услови из члана 14. овог закона, донеће решење којим одбацује пријаву са навођењем који услови за регистрацију промене нису испуњени, и такво решење ће објавити на интернет страни Агенције. Ако подносилац пријаве, у року од 30 дана од дана објављивања овог решења у одељку Претрага података о примљеним регистрационим пријавама и жалбама, поднесе регистрациону пријаву за регистрацију података о чијој регистрацији је добио решење о одбацивању пријаве, поднесе документацију на начин који је утврђен тим решењем и плати половину од износа накнаде за регистрацију која је предмет пријаве, задржава право приоритета одлучивања засновано подношењем одбачене пријаве. Ако се пријава односи на регистрацију два или више податка или документа, пријава се делимично усваја тако што се региструју подаци или документи за чију су регистрацију испуњени услови, а о пријави у осталом делу одлучује се на начин прописан чланом 17. То значи да регистратор доноси решење којим усваја у делу у ком су испуњени услови за регистрацију, а одбацује пријаву у делу у ком нису испуњени услови за регистрацију, и утврђује који услови за регистрацију нису испуњени. Ако подносилац пријаве, у року од 30 дана од дана објављивања овог решења у одељку Претрага података о примљеним регистрационим пријавама и жалбама, поднесе регистрациону пријаву за регистрацију података чија регистрација је била одбачена, поднесе документацију на начин који је утврђен тим решењем и плати половину од износа накнаде за регистрацију која је предмет пријаве, задржава право приоритета одлучивања засновано подношењем пријаве о којој је регистратор одлучио доношењем делимичним решењем. Ако регистратор не одлучи о пријави у року од пет радних дана од дана пријема, сматраће се да је пријава усвојена, о чему доноси решење и тражену регистрацију, без одлагања, спроводи у Регистар. Ово правило се не примењује ако се пријава одбацује из следећих разлога: ако је регистратор ненадлежан за поступање по пријави; ако податак или достављени документ није предмет регистрације; ако је податак или документ чија се регистрација захтева већ регистрован.
Жалба и поступак по жалби – од 01.09.2013. године на ожалбени поступак се примењују одредбе Закона о поступку регистрације у Агенцији а не Закон о Задужбинама и фондацијама. Законом о поступку регистрације у Агенцији је прописано да рок за жалбу износи 30 дана од дана објављивања одлуке на интернет страни Агенције и да о жалби одлучује надлежни министар (у овом случају то је министар надлежан за послове културе). Такође, новина је и то да је изричито прописано да жалбу може да поднесе само подносилац регистрационе пријаве а не и неко треће лице. Даље, изричито је прописано да жалба не задржава извршење. За разлику од Закона о општем управном поступку, ако подносилац пријаве изјави жалбу на решење и истовремено отклони недостатке утврђене решењем, сматраће се да радње предузете ради отклањања утврђених недостатака нису ни предузете, односно наставиће се поступак по жалби. То значи да се жалба неће усвајати ако се уз жалбу достави документација којом се отклањају недостаци због којих је пријава одбачена. Новина је и да се подносиоцу, на његов захтев, предаје потврда о примљеној жалби када се жалба подноси преко Агенције. Такође, на интернет страни Агенције се објављују подаци о примљеној жалби и то: број под којим је жалба заведена, датум и време пријема жалбе, податак о подносиоцу жалбе, и податак о статусу у коме се жалба налази (на овај начин је подносиоцу омогућено да, од тренутка пријема жалбе у Агенцији, преко интернет стране Агенције прати њено кретање односно ток поступка и то само на основу броја предате жалбе или на основу података о подносиоцу). Овим законом је прописана и садржина жалбе а то су број и датум одлуке која се жалбом побија, разлози побијања, идентификациони подаци о подносиоцу жалбе и потпис подносиоца жалбе. Такође је изричито прописано да се подносилац жалбе не може у жалби позивати на чињенице које нису унете у пријаву и документа која уз пријаву нису приложена. По пријему жалбе регистратор проверава да ли је жалба благовремена, допуштена или изјављена од овлашћеног лица и ако утврди да није, доноси решење којим се жалба одбацује. Ако утврди да јесте, проверава основаност жалбе и ако је жалба основана измениће побијану одлуку или ставити ван снаге решење о одбацивању пријаве и донети решење о усвајању пријаве. Ако регистратор у року од пет дана од дана пријема жалбе не одлучи ни на један од ових начина, дужан је да жалбу без одлагања достави надлежном министру. Новина је да је рок за одлучивање министра по жалби 30 дана од дана пријема жалбе у министарству. Такође, овим законом је прописано и поступање министра по жалби, односно министар може: одбацити жалбу ако је неблаговремена, недопуштена или поднета од неовлашћеног лица, ако регистратoр није то учинио, одбити жалбу као неосновану, усвојити жалбу и укинути одлуку и вратити регистратору предмет на поновно одлучивање и усвојити жалбу и укинути одлуку и сам одлучити о пријави. Одлука министра је коначна и против ње се може покренути управни спор. Против правноснажне одлуке Управног суда странка и надлежни јавни тужилац могу да поднесу Врховном касационом суду захтев за преиспитивање судске одлуке.