Zakonom su propisani razlozi brisanja zadužbine odnosno fondacije iz Registra. Uz registracionu prijavu brisanja iz registra, pored dokaza o uplati naknade za brisanje (visina naknade), dostavlja se dokumentacija na osnovu koje registrator vrši brisanje iz Registra. U slučaju okončanja stečajnog postupka to je pravnosnažno rešenje o zaključenju stečajnog postupka, u slučaju likvidacije to je izveštaj likvidacionog upravnika i odluka nadležnog organa o tome kome će biti dostavljena dokumentacija zadužbine odnosno fondacije na čuvanje. Pored okončanog stečaja i likvidacije zadužbina odnosno fondacija se briše iz registra i usled sprovedene statusne promene ako po tom osnovu prestaje da postoji.
Napomena:
Registrator donosi odluke na osnovu činjenica iz prijave, priloženih dokumenata i registrovanih podataka, bez ispitivanja tačnosti činjenica iz prijave, verodostojnosti priloženih dokumenata i pravilnosti i zakonitosti postupaka u kome su dokumenti doneti.
Po prijemu prijave registrator, u skladu sa odredbom člana 14. Zakona o postupku registracije u Agenciji za privredne registre, proverava da li su ispunjeni zakonski uslovi za upis u registar. Ako utvrdi da su podnete uredne prijave i dokumentacija, registrator u roku od 5 radnih dana od dana prijema prijave u APR, donosi rešenje o upisu promene podataka u registar zadužbina i fondacija, i rešenje objavljuje na internet strani Agencije.
Ako registrator u roku od pet radnih dana od dana podnošenja registracione prijave, utvrdi da nisu ispunjeni uslovi iz člana 14. ovog zakona, doneće rešenje kojim odbacuje prijavu sa navođenjem koji uslovi za registraciju promene nisu ispunjeni, i takvo rešenje će objaviti na internet strani Agencije. Ako podnosilac prijave, u roku od 30 dana od dana objavljivanja ovog rešenja u odeljku Pretraga podataka o primljenim registracionim prijavama i žalbama, podnese registracionu prijavu za registraciju podataka o čijoj registraciji je dobio rešenje o odbacivanju prijave, podnese dokumentaciju na način koji je utvrđen tim rešenjem i plati polovinu od iznosa naknade za registraciju koja je predmet prijave, zadržava pravo prioriteta odlučivanja zasnovano podnošenjem odbačene prijave. Ako se prijava odnosi na registraciju dva ili više podatka ili dokumenta, prijava se delimično usvaja tako što se registruju podaci ili dokumenti za čiju su registraciju ispunjeni uslovi, a o prijavi u ostalom delu odlučuje se na način propisan članom 17. To znači da registrator donosi rešenje kojim usvaja u delu u kom su ispunjeni uslovi za registraciju, a odbacuje prijavu u delu u kom nisu ispunjeni uslovi za registraciju, i utvrđuje koji uslovi za registraciju nisu ispunjeni. Ako podnosilac prijave, u roku od 30 dana od dana objavljivanja ovog rešenja u odeljku Pretraga podataka o primljenim registracionim prijavama i žalbama, podnese registracionu prijavu za registraciju podataka čija registracija je bila odbačena, podnese dokumentaciju na način koji je utvrđen tim rešenjem i plati polovinu od iznosa naknade za registraciju koja je predmet prijave, zadržava pravo prioriteta odlučivanja zasnovano podnošenjem prijave o kojoj je registrator odlučio donošenjem delimičnim rešenjem. Ako registrator ne odluči o prijavi u roku od pet radnih dana od dana prijema, smatraće se da je prijava usvojena, o čemu donosi rešenje i traženu registraciju, bez odlaganja, sprovodi u Registar. Ovo pravilo se ne primenjuje ako se prijava odbacuje iz sledećih razloga: ako je registrator nenadležan za postupanje po prijavi; ako podatak ili dostavljeni dokument nije predmet registracije; ako je podatak ili dokument čija se registracija zahteva već registrovan.
Žalba i postupak po žalbi – od 01.09.2013. godine na ožalbeni postupak se primenjuju odredbe Zakona o postupku registracije u Agenciji a ne Zakon o Zadužbinama i fondacijama. Zakonom o postupku registracije u Agenciji je propisano da rok za žalbu iznosi 30 dana od dana objavljivanja odluke na internet strani Agencije i da o žalbi odlučuje nadležni ministar (u ovom slučaju to je ministar nadležan za poslove kulture). Takođe, novina je i to da je izričito propisano da žalbu može da podnese samo podnosilac registracione prijave a ne i neko treće lice. Dalje, izričito je propisano da žalba ne zadržava izvršenje. Za razliku od Zakona o opštem upravnom postupku, ako podnosilac prijave izjavi žalbu na rešenje i istovremeno otkloni nedostatke utvrđene rešenjem, smatraće se da radnje preduzete radi otklanjanja utvrđenih nedostataka nisu ni preduzete, odnosno nastaviće se postupak po žalbi. To znači da se žalba neće usvajati ako se uz žalbu dostavi dokumentacija kojom se otklanjaju nedostaci zbog kojih je prijava odbačena. Novina je i da se podnosiocu, na njegov zahtev, predaje potvrda o primljenoj žalbi kada se žalba podnosi preko Agencije. Takođe, na internet strani Agencije se objavljuju podaci o primljenoj žalbi i to: broj pod kojim je žalba zavedena, datum i vreme prijema žalbe, podatak o podnosiocu žalbe, i podatak o statusu u kome se žalba nalazi (na ovaj način je podnosiocu omogućeno da, od trenutka prijema žalbe u Agenciji, preko internet strane Agencije prati njeno kretanje odnosno tok postupka i to samo na osnovu broja predate žalbe ili na osnovu podataka o podnosiocu). Ovim zakonom je propisana i sadržina žalbe a to su broj i datum odluke koja se žalbom pobija, razlozi pobijanja, identifikacioni podaci o podnosiocu žalbe i potpis podnosioca žalbe. Takođe je izričito propisano da se podnosilac žalbe ne može u žalbi pozivati na činjenice koje nisu unete u prijavu i dokumenta koja uz prijavu nisu priložena. Po prijemu žalbe registrator proverava da li je žalba blagovremena, dopuštena ili izjavljena od ovlašćenog lica i ako utvrdi da nije, donosi rešenje kojim se žalba odbacuje. Ako utvrdi da jeste, proverava osnovanost žalbe i ako je žalba osnovana izmeniće pobijanu odluku ili staviti van snage rešenje o odbacivanju prijave i doneti rešenje o usvajanju prijave. Ako registrator u roku od pet dana od dana prijema žalbe ne odluči ni na jedan od ovih načina, dužan je da žalbu bez odlaganja dostavi nadležnom ministru. Novina je da je rok za odlučivanje ministra po žalbi 30 dana od dana prijema žalbe u ministarstvu. Takođe, ovim zakonom je propisano i postupanje ministra po žalbi, odnosno ministar može: odbaciti žalbu ako je neblagovremena, nedopuštena ili podneta od neovlašćenog lica, ako registrator nije to učinio, odbiti žalbu kao neosnovanu, usvojiti žalbu i ukinuti odluku i vratiti registratoru predmet na ponovno odlučivanje i usvojiti žalbu i ukinuti odluku i sam odlučiti o prijavi. Odluka ministra je konačna i protiv nje se može pokrenuti upravni spor. Protiv pravnosnažne odluke Upravnog suda stranka i nadležni javni tužilac mogu da podnesu Vrhovnom kasacionom sudu zahtev za preispitivanje sudske odluke.